学术机构在与知网进行查重收费谈判时，首先需要明确自身需求和资源情况，了解知网收费标准及服务内容。其次，可以通过探讨合作方式、时长、频次等细节来达成双方共识，同时也可以尝试争取优惠或个性化服务。最后，建立长期合作伙伴关系，定期评估谈判效果，不断优化谈判策略，实现双赢局面。

在谈判过程中，学术机构可以通过增加合作项目、提升合作质量、寻求第三方支持等方式来增加谈判筹码，同时也需要注意保持良好的沟通和合作关系，避免出现误解或矛盾。此外，学术机构还可以通过了解市场行情、参考同行经验、洞察知网政策动向等方式来优化谈判策略，确保达成理想的合作协议。